וועד מקומי נבחר מנהל את הישוב ותושביו, בכל הקשור להיבטים המנהליים, מעין שילטון מקומי בעוד האגודה השיתופית פועלת מתוקף פקודת האגודות השיתופיות לקידום ענייני החברים בה.
בדרך כלל בישובים הקהילתיים האגודה השיתופית רשומה כבעלים של הקרקע מול רשות מקרקעי ישראל המחכירה לתושבי הישוב את הקרקעות, בעוד הוועד המקומי הינו גוף המנהל את ענייניו הכספיים של הישוב מן ההיבט המנהלי, דוגמת שירותים מוניציפליים, תשתיות, מים ועוד.
לעיתים ישנה זהות בין חברי הוועד המקומי לבין חברי האגודה השיתופית חקלאית, אולם עדיין אין המדובר באותו גוף כי אם בשתי פונקציות שונות האחראיות כאמור על תחומים שונים.
ישובים רבים מהווים חלק ממועצה איזורית המנהלת את ענייניהם המוניציפליים במקביל לוועד המקומי, בעוד בישובים אחרים ישנה מועצה מקומית, האחראית על העניינים המוניציפליים, בכל מקרה הוועד המקומי הינו חלק מאותה מערכת כוללת של מועצה איזורית כאשר במועצה מקומית היא זו שנבחרת לשמש כוועד, בכל הקשור ליישום והשלמה של השירותים העירוניים הניתנים לכל ישוב וישוב. ראש וועד מקומי אינו זכאי לשכר בגין תפקידו זה.
כיום אין חובה לבחור לוועד הישוב חבר באגודה השיתופית חקלאית דווקא.
לעיתים ישנו סכסוך בין תושב הישוב לבין הישוב עצמו. כאשר המדובר בהליכי גבייה למשל של מיסי ארנונה כי אז הצד הנגדי יהיה המועצה האיזורית או המקומית, בהתאם לעניין, מאידך במידה ומדובר בסיכסוך הקשור לקרקעות או מבנים המצויים בישוב כי אז הצד שכנגד תהיה דווקא האגודה השיתופית חקלאית הרשומה כבעלים של הקרקעות בישוב.
הליך משפטי נגד אגודה שיתופית חקלאית או בין חבריה מתנהל בפני רשם האגודות השיתופיות במשרד הכלכלה והתעשייה, והוא דן בעצמו (או באמצעות סגניו או בעלי פקידים אחרים במשרד) ואף יכול למנות לשם כך בורר חיצוני. הקביעה בהליך מול רשם האגודות השיתופיות הינו כשל פסק דין בבית המשפט המחוזי. לכל אגודה יש תקנון ועל פי הקבוע בתקנון יש לפעול בעת ניהול סיכסוך משפטי.
המועצה האיזורית אחראית על הוועד המקומי והיא פעל להחליפו בוועד ממונה כאשר הוא אינו מצליח למלא את תפקידו כראוי. המועצה האיזורית תפעל להחליף את הוועד המקומי אם חבריו בו בני משפחה מדרגה ראשונה. הקצבות כספיות לישובים תבוצע על ידי המועצה האיזורית רק באמצעות חשבון הוועד המקומי, המועצה האיזורית תפקח על תקציבו של הוועד המקומי.
הוועדים המקומיים מוכרים ומוערכים על ידי הרשויות השלטוניות וישנה העדפה לניהול הישובים על ידי וועדים אלו הכפופים למועצה האיזורית והמבצעים את הפעולות בתחום סמכותם באופן המיטבי לתושבי הישוב הקהילתי המנוהל על ידם.